本所原隸屬於金湖鎮公所內一課，初僅設置戶籍幹事一員，鎮長兼主任，戶籍業務由村里幹事兼辦；迄民國六十一年政府為加強維護社會治安工作與推行警政革新實施「戶警合一」體制，各鄉鎮戶政事務所改隸屬於金門縣警察局，主任由金湖警察所所長兼任之，本所仍設戶籍員一員，各村里設立戶籍申報站，由村里幹事負責受理民眾各項戶籍申請案件；之後本縣為因應戰地政務終止與解嚴，回歸民主憲政常態，落實地方自治，民國82年6月1日實施「戶警分立」各鄉鎮戶政事務所改直屬縣政府監督指揮，依法辦理戶政業務，以落實地方自治，是為戶政所之沿革。
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